連絡乗車券を発売しているのに岩本町駅と秋葉原駅との間で乗り換えができない理由は２つあります。 １つは、両駅が地下通路で繋がっていないことです。 当駅を建設するにあたり、当局は当時の営団地下鉄と交渉したそうです。 お互いが駅相互間の距離の半分ずつ、つまり50メートルずつを掘り進み、地下通路をジョイントし、乗換駅としないかと。 しかし、営団地下鉄は秋葉原駅の南側にすぐ神田川が流れており、折半した場合は営団地下鉄が川下の難工事をしなければならず、著しく不平等な負担を強いられてしまうこと、地下通路を建設するほど利用客数が期待できないことなどを理由に頓挫しました。

ところが、いざ新宿線が開業してみると、それまではバスと旧国鉄総武線あるいは旧営団地下鉄東西線を乗り継いでいた人たちがたくさん新宿線を利用するようになり、岩本町駅は旧国鉄総武線、山手線、京浜東北線と旧営団地下鉄日比谷線の秋葉原駅との実質的な乗換駅の役割を担うようになっていました。 そして、理屈はどうあれ、口コミで両駅が近いと云うことが広がり、乗換駅ではない乗換駅として現在に至っています。

その後、2000年12月12日の都営地下鉄大江戸線の全線開業に合わせて、蔵前駅（都営地下鉄大江戸線⇔都営地下鉄浅草線）、本郷三丁目駅（都営地下鉄大江戸線⇔旧営団地下鉄丸ノ内線）が地下通路によらない地上での乗換駅の指定がありました。 よって、前述した原則（地下通路での連絡）が崩れたのです。（※この地上乗換が可能になった背景は未だに謎です。文書を見た記憶もありません。） 当然、この2000年の同時期に、岩本町駅⇔秋葉原駅間の地上乗換駅化構想もあったんでしょうが、実現しませんでした。 それが、猪瀬都知事の鶴の一声で乗換駅となります。